Samostatný typ
Membránový modul a bioreaktor sú inštalované samostatne.
Zmiešaný lúh v bioreaktore je natlakovaný cirkulačným čerpadlom a potom čerpaný do filtračného konca membránového modulu. Kvapalina v zmiešanom lúhu pod tlakom preniká cez membránu a stáva sa upravenou vodou; pevné látky a veľké molekuly sú zadržané membránou a vrátené do bioreaktora s koncentrátom.
Integrovaný typ
Membránový modul je umiestnený vo vnútri bioreaktora. Napájacia voda vstupuje do membránového-bioreaktora, kde je väčšina škodlivín odstránená aktivovaným kalom v miešanej kvapaline a následne je voda filtrovaná membránou pod vonkajším tlakom.
Tento typ membránového-bioreaktora má relatívne nízku spotrebu energie, pretože eliminuje systém cirkulácie zmiešaného lúhu a spolieha sa na filtráciu-za pomoci čerpadla; má tiež kompaktnejší pôdorys ako samostatný typ a v posledných rokoch mu bola venovaná značná pozornosť v oblasti úpravy vody. Vo všeobecnosti má však relatívne nízky membránový tok, je náchylný na zanášanie membrány a po zanesení sa ťažko čistí a vymieňa.
Kompozitný typ
Formou tiež patrí do kategórie integrovaných membránových bioreaktorov. Rozdiel je v tom, že do bioreaktora sa pridáva baliaci materiál, aby sa vytvoril kompozitný membránový bioreaktor, ktorý mení niektoré vlastnosti reaktora.